目前福州大学软件学院以福州大学教学研究型的总体发展方向为主导，以本科教育为基础，不断提高办学质量；积极发展研究生教育，努力在软件基础理论研究方面达到国内领先水平，若干软件技术应用方向有特色，成为一个在培养模式、学科方向有鲜明特色的软件学院。学院现有1个应用数学博士点，数学和计算机科学与技术2个一级学科硕士点。